Peptídeos de penetração celular são pequenos peptídeos que podem penetrar facilmente na membrana celular.Esta classe de moléculas, especialmente CPPs com funções de direcionamento, é promissora para a entrega eficiente de medicamentos às células-alvo.
Portanto, a pesquisa sobre o assunto tem certo significado biomédico.Neste estudo, CPPs com diferentes atividades transmembrana foram estudados ao nível da sequência, tentando descobrir os fatores que afetam a atividade transmembrana dos CPPs, as diferenças de sequência entre CPPs com atividades diferentes e NonCPPs, e introduzir um método para analisar sequências biológicas.
As sequências de CPPs e NonCPPs foram obtidas do banco de dados CPPsite e de diferentes literaturas, e peptídeos transmembranares (HCPPs, MCPPs, LCPPs) com atividade transmembrana alta, média e baixa foram extraídos das sequências de CPPs para construir conjuntos de dados.Com base nesses conjuntos de dados, foram realizados os seguintes estudos:
1, A composição de aminoácidos e estrutura secundária de diferentes CPPs ativos e NãoCPPs foram analisadas por ANOVA.Verificou-se que as interações eletrostáticas e hidrofóbicas dos aminoácidos desempenharam um papel importante na atividade transmembrana dos CPPs, e a estrutura helicoidal e o enrolamento aleatório também afetaram a atividade transmembrana dos CPPs.
2. As propriedades físicas e químicas e os comprimentos dos CPPs com diferentes atividades foram exibidos no plano bidimensional.Verificou-se que CPPs e NonCPPs com atividades diferentes poderiam ser agrupados sob algumas propriedades especiais, e HCPPs, MCPPs, LCPPs e NonCPPs foram divididos em três clusters, mostrando suas diferenças;
3. Neste artigo, é introduzido o conceito de centróide físico e químico da sequência biológica, e os resíduos que compõem a sequência são considerados como pontos de partículas, e a sequência é abstraída como um sistema de partículas para pesquisa.Este método foi aplicado à análise de CPPs projetando CPPs com diferentes atividades no plano 3D pelo método PCA, e descobriu-se que a maioria dos CPPs se agruparam e alguns LCPPs se agruparam com NonCPPs.
Este estudo tem implicações para o desenho de CPPs e para a compreensão das diferenças nas sequências de CPPs com diferentes atividades.Além disso, o método de análise do centróide físico e químico de sequências biológicas apresentado neste artigo também pode ser utilizado para a análise de outros problemas biológicos.Ao mesmo tempo, eles podem ser usados como parâmetros de entrada para alguns problemas de classificação biológica e desempenhar um papel no reconhecimento de padrões.
Horário da postagem: 15 de junho de 2023